吉林大学中日联谊医院由位于长春市朝阳区新民大街的原址迁至由吉林省、长春市政府拨地、卫生部拨款建筑、日本政府无偿援助26亿日元医疗设备的长春经济技 术开发区自由大路新址，为感谢日本人民的真情厚意，医院经卫生部批准重新命名为白求恩医大三院（中日联谊医院）。2000年白求恩医科大学与吉林大学合并 后医院正式更名为吉林大学中日联谊医院。

    新医院占地面积22.8万平方米，建筑面积11万4千7百多平方米，医院设有编制床位952张，拥有2个国家卫生部重点学科（耳鼻咽喉――头颈外科、骨科），5个研究所（吉林省外科研究所、吉林省心血管病研究所、吉林省放射介入外科研究所、吉林省创伤骨科研究 所、白求恩医科大学耳鼻咽喉――头颈外科研究所），4个中心（吉林省创伤骨科治疗中心、吉林省人工关节治疗中心、吉林省肾脏移植与血液净化研究中心、白求 恩医科大学手外科中心）。吉林大学中日联谊医院2009年在编职工1406人，其中教授59人，副教授149人，讲师及相应职称545人，拥有博士学位授 权学科5个，硕士学位授权专业25个，博士研究生导师15名，硕士研究生导师84名；享受国务院政府特殊津贴人员37名，吉林省管优秀专家、吉林省有突出 贡献的中青年专家、长春市有突出贡献的市级专家、长春资深名医、长春名医、长春市跨世纪第一梯队科技干部、第二梯队科技干部共27名；拥有万元以上先进的 大型医疗设备900多台（件），设有先进的计算机网络系统，并已加入Internet国际互联网。吉林大学中日联谊医院还是国家级爱婴医院、国家药品临床 研究基地、亚洲紧急救援中心和卫生部国际紧急救援中心的网络医院。